Program intensif persiapan masuk PTN adalah program penunjang kurikulum di MAN Insan Cendekia yang diberikan kepada siswa kelas XII. MAN Insan Cendekia sebagai madrasah tipologi akademik harus mempersiapkan peserta didiknya untuk dapat melanjutkan pendidikan keperguruan tinggi yang berkualitas, baik di dalam maupun di luar negeri.
Program intensif ini merupakan bentuk layanan khusus madrasahuntuk mempersiapkan peserta didik memasuki perguruan tinggi yang berkualitas, yang dilaksanakan secara rutin dan terencana sesuai kebutuhan peserta didik sehingga mendapatkan hasil yang optimal. Kegiatannya berupa bimbingan pendalam materi untuk persiapan ujian akhir madrasah (USBN, UAMBN, UN) serta menghadapi ujian masuk PTN.
Program intensif persiapan masuk PTN dilaksanakan dalam 3 (tiga) tahap, sebagai berikut:
Untuk pengenalan terhadap karakteristik instrumen Ujian Nasional maupun ujian masuk perguruan tinggi dalam dan luar negeri
Untuk persiapan Ujian Nasional (UN) dan ujian akhirmadrasah berstandar nasional (UAMBN)
Untuk mempersiapkan siswa mengikuti seleksi masuk PTN favorit di dalam dan luar negeri
Prosedur pelaksanaan kegiatan program intensif persiapan masuk PTN akan diuraikan dalam panduan penyelenggaraan berupa Keputusan Kepala madrasah