Tahun 1996 Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) melalui program Science and Tecnologi Equity Program (STEP) mendirikan SMU Insan Cendekia di Serpong dan Gorontalo yang diperuntukkan bagi lulusan madrasah Tsanawiyah/SMP di lingkungan pesantren. Pada tahun 2000 pengelolaan dilimpahkan oleh BPPT kepada Departemen Agama RI (kini Kementerian Agama RI). Melalui surat keputusan Menteri Agama RI nomor 490 tahun 2001, SMU Insan Cendekia diubah menjadi MAN Insan Cendekia
MAN Insan Cendekia Siak adalah model satuan pendidikan jenjang menengah yang memadukan Pendidikan Agama Islam dengan pengayaan pada bidang ilmu pengetahuan dan teknologi sebagai ciri khas utamanya.
Dalam rangka mewujudkan sumber daya manusia yang handal, untuk memenuhi sumberdaya manusia yang berkualitas tinggi dalam ilmu pengetahuan dan teknologi (iptek), serta menjadi pribadi yang mampu menegakkan keimanan dan ketakwaan (imtaq), di masa datang maka didirikan lah MAN Insan cendekia ini di seluruh indonesia salah satunya adalah MAN Insan Cendekia Siak dengan masa kepemimpinan Ibuk Hayatirruh tahun 2016 sampai 2020